深控是航道星舰当中的一个模块化转职，有点类似于战甲的军械库，在玩家成功完成九重天前置任务之后，就可以解锁深控装置。在轨道飞行器的导航装置旁边，或者是干船坞和中继站内部，我们都可以将其开启，并开始编辑。

深控系统自带一个奥罗金反应堆和三个极化槽，玩家可以自由为其转载振幅晶体，使用塑型块一样可以继续完成对它的极化，与战甲相同，每次极化后，深控等级都会重置，其等级上限至多为30级，能够为玩家提供6000点的段位经验。与战甲振幅晶体界面不同的是，深控系统带有三个mod系统，分别是战斗型，战术型和综合型，其中综合型与常规的mod装配类似，一共有九个槽位，其中一个和光环mod槽，玩家可以直接装配。

至于战斗型和战术型的界面就比较特殊了，这两个界面当中各有三个mod槽位，分别是进攻型，防御型和特殊型，玩家需要装配对应的振幅晶体。这两个界面当中的振幅晶体装配不会消耗深控的mod容量，但是每种类型的mod只能装配一次。战斗型mod槽位可以视为航道星舰的技能系统，玩家装配什么mod，后续在战斗时，航道星舰就会拥有对应的主动技能。与战甲类似，所有技能在释放都需要扣除能量，由于航道星舰本身没有能量系统，所以会自动扣除战甲能量。

战术型则是一些辅助类的能力，包括远程修复航道星舰，降低精炼厂的冷却时间，提高速度等等，在一些关键时刻有着较大的作用。由于每个玩家的深控系统都不相同，因此在多人模式下，深控配置会默认以主机为主，如果想使用自己的深控，就需要前往干船坞发动航道星舰。